康熙十二年末，吴三桂举兵反清之后，便向自己的旧部、故交发去书信约定共同反清，驻扎甘肃平凉的陕西提督王辅臣和驻甘肃甘州的甘肃提督张勇也收到信札，吴三桂本以为凭借往日对二人的恩情，他们一定会听命于他，却没想到二人均拒绝从叛。
其中王辅臣做的最为决绝，接到吴三桂的密信之后，当即让自己的儿子将吴三桂的信札和信使一并押解到了京师交给清廷，以示忠心，康熙皇帝得知后大喜，称赞王辅臣“果不负朕，疾风知劲草今日见之”，并大加赏赐，令其固守地方。
康熙十三年，吴军大将王屏藩全据四川，康熙令赫业为安西将军领军由汉中入蜀攻击王屏藩，随后又调穆占部入蜀增援，又令刑部尚书莫洛领八旗一部入陕西，授其全权节制陕甘诸将相机行事。
然而莫洛仗着康熙授予的权柄肆意妄为，时常打压汉将，满军入陕西之后又到处滋扰生事、刮分夺取绿营钱粮和当地官绅用以赈灾的募款，引来汉军、官绅和灾民百姓的极为不满，一时民怨沸腾。
而王辅臣作为陕西提督、陕西汉将之首，直面莫洛，便时常被其轻视欺压，王辅臣心中自然愈发不满，渐渐有了反心。
康熙十三年五月，四川王屏藩退兵保宁，引诱清军追击至这三面环江的险地之中，清军攻击保宁失败，只能驻扎蟠龙山与王屏藩对峙，王屏藩分出精锐切断清军粮道，清军对峙至十一月，粮草断绝、师老兵疲、军心浮动，不得不撤军而归。
王屏藩敏锐的抓住这个时机，在保宁待机许久的吴军在清军撤兵之前抢先自水陆两路发起进攻，清军毫无防备、士气低下、仓促应战，自然便是一场大败，满蒙军官阵亡二十二人，撤退路上遭到王屏藩追击，又损失不少八旗士卒，一路逃到广元才稳住阵脚。
为接应战败的赫业、穆占所部，陕西的莫洛提兵南下，清军依旧正常发挥，八旗兵征调好马、美食，将绿营的粮草马匹抽调大半，绿营汉军只剩劣马可乘，还要饿着肚子赶路，自然是满腹的怨气，行军至宁羌附近，王辅臣手下绿营兵和八旗兵忿争辱骂，很快又升级成斗殴乃至武力冲突。
莫洛便强令王辅臣处置闹事的绿营兵将，王辅臣本就心中怀怨，见军中也是怨气沸腾，自己若是强压，没准手下绿营就要哗变，反倒把自己给搭了进去，干脆一不做二不休，集结兵马突袭八旗兵营寨，一时炮矢齐发，莫洛猝不及防，激战之中被鸟铳流弹射中喉咙而死，成了吴三桂反乱至今清军阵亡的最高级别统帅。
兵变之后
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