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历史上最著名的三次学术辩论与交流都发生在书院，这足以说明书院是学术研究和学术交流的重要场所。书院具有雄厚的师资力量，又有巨量的藏书资源，这为学术研究和学术活动奠定了坚实的基础。
书院虽然各有所属的学派，但殊途同归，大多以传播孔孟之道为己任，维护传统道统为底线。正如全祖望在《同谷三先生书院记》中所指出的那样：
宋乾、淳以后，学派分而为三：朱（熹）学也，吕（祖谦）学也，陆（九渊）学也。三家同时，皆不甚合，朱学以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而复以中原文献之统润色之，门庭径路虽别，要其归宿于圣人则一也。
书院把学术研究和教学两者紧紧结合起来，一方面，学术研究是书院教学的基础，这既提高了生徒钻研学术的能力，又培育了学术种子，壮大了学术队伍。
另一方面，教学和研究推广了书院的学术成果和各派的学术思想。以象山书院为例，陆九渊向弟子传授陆学后，其门人积极宣传师学，如杨简在碧沚书院讲学，袁燮在城南楼氏精舍讲学，沈焕在月湖竹洲讲学等，扩大了其学术影响。
又譬如清代学者黄宗羲，他创办甬上证人书院，把自己的学术成果转化为讲学内容，使自己的学术思想影响面不断扩大，逐渐形成闻名遐迩的浙东经史学派，并把学术思想传承下去并发扬光大。
与此同时，大多数书院还致力于普及文化知识和以儒家道统对社会进行教化，推动教育的普及化和平民化。朱熹曾说：“古者圣王设为学校，以教其民，由家及国，大小有序，使其民无不入乎其中而受学焉。”
王守仁也非常重视对平民大众的教育，他认为应“教之歌诗习礼，申以孝悌，导之礼让”。对平民百姓的教育内容虽然浅显易懂，但这也是一种儒家道德的教育，目的就是淳厚世风，传播儒家文化。
书院作为一种教育组织形式，并以“书”为名，显然与它的藏书功能是分不开的。书院的教育功能是以藏书功能为前提的，“书院之所以称名者，盖实以为藏书之所，而令诸士子就学其中者也”。
首先，书院保存了大量的传统文化典籍。这些典籍无论从文化传播学的视角还是从学术研究的视角来看，都是弥足珍贵的。
比如钟山、紫阳、敷文三所书院所珍藏的武英殿刊本的“十三经”“二十二史”等，以及白鹿洞、岳麓两书院珍藏的《御纂日讲解义》等古籍，为研究古代的历史文化提供了翔实的资料。另外
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